[转载] 安装 DeepMD-kit v1.0

原作者：曾晋哲

原链接： https://mp.weixin.qq.com/s/DeQZKwoyxXK7rHhhmdgTmw https://mp.weixin.qq.com/s/MsEtgnN\_mi-auiFyXYUquA

假定已经安装了Anaconda（建议使用最新版2019.07），已连接互联网，则

1.安装tensorflow（如仅需CPU版本的TensorFlow，则将tensorflow-gpu改为tensorflow）：

1	python -m pip install tensorflow Successfully installed google-pasta-0.1.7 keras-applications-1.0.8 opt-einsum-3.1.0 tensorboard-2.0.0 tensorflow-estimator-2.0.0 tensorflow-gpu-2.0.0

2.安装deepmd-kit v1.0：

1	python -m pip install git+https://github.com/deepmodeling/deepmd-kit

Building wheels for collected packages: deepmd-kit
Building wheel for deepmd-kit (PEP 517) … done
Created wheel for deepmd-kit: filename=deepmd_kit-1.0.0-cp37-cp37m-linux_x86_64.whl size=268836 sha256=1f5b1149bbf35c0c96c713cc8b607e0626ad0df6451a7 171d4f6b46acc2d4290
Stored in directory: /tmp/pip-ephem-wheel-cache-zlksq4dl/wheels/a2/80/6c/a26fba79e43199eb4cdba7a3686c5370d3620916f5a0ea23ac
Successfully built deepmd-kit
Installing collected packages: deepmd-kit
Successfully built deepmd-kit
Installing collected packages: deepmd-kit
Successfully installed deepmd-kit-1.0.0

大功告成！现在看一看是否成功安装：

dp -h

usage: dp [-h] {train,freeze,test} …
DeePMD-kit: A deep learning package for many-body potential energy representation and molecular dynamics
optional arguments: -h, –help
show this help message and exit Valid subcommands: {train,freeze,test}
train train a model
freeze freeze the model
test test the model

现在，DeePMD-kit v1.0.0已成功安装。下一期将介绍如何用DP编译LAMMPS

TensorFlow 安装

最新版本的 TensorFlow 要求 GLIBC 2.17 以上，尽管推荐做法是找一台最新系统的机子，但是有时候系统的类型不是由自己决定的，通常又没有root权限，又想在所有机子上都能运行 TensorFlow 。刚好手里有一个超算账号，系统是 Red Hat 4.4.7 ，GLIBC 版本是 2.12 ，就以此为例，安装CPU版本的TensorFlow（反正没有权限也安装不了GPU版本需要的驱动）。

一、用 Anaconda 3 安装 TensorFlow 1.8

1.安装 Anaconda 3 见Linux软件安装②Anaconda3 2.创建 TensorFlow 环境

conda create -n tensorflow pip python=3.6
#Proceed ([y]/n)? 输y
source activate tensorflow #激活环境
pip install tensorflow -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/
#这两天由于众所周知的原因，Google官方的镜像又下载不了了，所以这里用了清华大学的镜像

二、安装 gcc

这时候打开 Python ，执行 import tensorflow ，提示：

ImportError: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.7’ not found

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conda install -c psi4 gcc-5 
#Proceed ([y]/n)? 输y
LD_LIBRARY_PATH=$HOME/anaconda3/envs/tensorflow/lib:$LD_LIBRARY_PATH

再此运行 Python，不再提示这个问题。

三、安装 GLIBC 2.21

但是提示：

ImportError: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.16’ not found

本来应该安装GLIBC 2.17，但是我发现从2.16到2.19都有个bug，不能运行Python 3.6。于是我们安装GLIBC 2.21。 1.下载GLIBC 2.21并编译GLIBC 2.21

wget http://mirror.rit.edu/gnu/libc/glibc-2.21.tar.gz
tar zxvf glibc-2.21.tar.gz
mkdir glibc-2.21-build glibc-2.21-install
cd glibc-2.21-build
../glibc-2.21/configure --prefix=`readlink -f ../glibc-2.21-install` 
make && make install

然后就报错了：

checking version of as… 2.20.51.0.2, bad checking version of ld… 2.20.51.0.2, bad These critical programs are missing or too old: as ld

仔细看看INSTALL文件，要求GNU ‘binutils’ 2.22 or later，但系统只装了2.20。 2.下载并编译binutils 2.30

wget ftp://ftp.gnu.org/gnu/binutils/binutils-2.30.tar.gz
tar zxvf binutils-2.30.tar.gz
cd binutils-2.30
./configure --prefix=`readlink -f ../binutils-2.30-install` 
make && make install
#加入环境变量
PATH=$HOME/software/binutils-2.30-install/bin:$PATH

3.重新编译glibc 2.21

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cd glibc-2.21-build
../glibc-2.21/configure --prefix=`readlink -f ../glibc-2.21-install` 
make && make install

Warning: ignoring configuration file that cannot be opened: … /software/glibc-2.21-install/etc/ld.so.conf: No such file or directory

将/etc 目录的ld.so.conf复制到指定目录后重新安装：

1 2	cp /etc/ld.so.conf ../glibc-2.21-install/etc/ make install

安装成功。

四、运行TensorFlow

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source activate tensorflow
$HOME/software/glibc-2.21-install/lib/ld-2.21.so --library-path $HOME/anaconda3/envs/tensorflow/lib:$HOME/software/glibc-2.21-install/lib:/lib64:$LD_LIBRARY_PATH `which python`

在Python内输入：

# Python
import tensorflow as tf
hello = tf.constant('Hello, TensorFlow!')
sess = tf.Session()
print(sess.run(hello))

b’Hello, TensorFlow!’

运行成功。我们可以运行的命令记录在.bashrc中：

echo 'alias tf='"'"'$HOME/software/glibc-2.21-install/lib/ld-2.21.so --library-path $HOME/anaconda3/envs/tensorflow/lib:$HOME/software/glib-2.21-install/lib:/lib64:$LD_LIBRARY_PATH `which python`'"'">>$HOME/.bashrcsource $HOME/.bashrc

即可用 tf 代替装了 TensorFlow 的 Python。