CP2K 6.1 编译安装 (Intel 编译器)
CP2K 6.1.0-release 多进程多线程(MPI+OPENMP)
制作者：曹立群
更新时间：2019.10.09
测试版本：CP2K 6.1.0-release
本文基于前辈安装老版本的说明撰写：
https://blog.csdn.net/zh314js/article/details/76258705
1.下载并安装intel编译器(最新版本2019)
安装后在~/.bashrc添加:
source /opt/intel/compilers_and_libraries_2017.4.196/linux/bin/ifortvars.sh intel64
source /opt/intel/compilers_and_libraries_2017.4.196/linux/mkl/bin/mklvars.sh intel64
source /opt/intel/compilers_and_libraries_2017.4.196/linux/mpi/intel64/bin/mpivars.sh intel64
然后 source ~/.bashrc
测试:
which ifort / which mpiifort 显示具体路径
Intel编译器套件安装完后，在任意目录下，执行：icc -v 显示版本号
然后进入$MKLROOT/interfaces/fftw3xf文件夹，执行：make libintel64 将会生成一个名为libfftw3xf_intel.a的静态库文件
在/etc/目录中新建一个名为mpd.conf的文本文件，在里面填写上(需root权限)：
MPD_SECRETWORD=mr45-j9z
然后保存退出，给这个文件加上权限：
chmod 600 /etc/mpd.conf
2. 安装libint (1.1.6版本)：
下载安装包解压，进入执行：
aclocal -I lib/autoconf
autoconf
注意，上面两个如果执行后都报错的话，不用管，直接下一步。
./configure –prefix=/opt/libint –with-ar=ar FC=ifort F77=ifort F90=ifort
FCFLAGS=”-O3 -xHost” CC=icc CFLAGS=”-O3 -xHost “ CXX=icpc
CXXFLAGS=”-O3 -xHost “ –with-cc-optflags=”-O3 -xHost “
–with-cxx-optflags=”-O3 -xHost “ –with-libint-max-am=5 –with-libint-opt-am=4 –with-libderiv-max-am1=4 –with-libderiv-max-am2=2 –with-libr12-max-am=2 –with-libr12-opt-am=2
make -j 8
make install
make realclean
3. 安装最新libxsmm (1.8.1的master版本，其他版本也行，用于矩阵运算加速的)：
解压安装包后，进入安装包，执行：
make CXX=icpc CC=icc FC=ifort AR=ar OPT=3 TARGET=”-xHost” ROW_MAJOR=0
INDICES_M=”$(echo $(seq 1 24))” INDICES_N=”$(echo $(seq 1 24))” INDICES_K=”$(echo $(seq 1 24))” PREFIX=/opt/libxsmm/ install
make clean
4. 安装libxc (3.0.0版本，其他版本也行)：
下载安装包解压进入安装：
./configure –prefix=/opt/libxc/ FC=ifort FCFLAGS=”-O3 -xHost “ CC=iccCFLAGS=”-O3 -xHost “
make -j 8
make install
make clean
5. 安装elpa :
cp2k 6.1.0-release版本目前采用elpa-2018.05.001
openmp版本(用于多线程多进程(psmp)版本：
./configure –prefix=/opt/elpa/ FC=mpiifort CC=mpiicc CXX=mpiicpc
CFLAGS=”-O3 -xHost “ CXXFLAGS=”-O3 -xHost “ FCFLAGS=”-O3 -xHost “
--with-avx-optimization=yes –enable-openmp SCALAPACK_LDFLAGS=”-
L$MKLROOT/lib/intel64 -lmkl_blas95_lp64 -lmkl_lapack95_lp64
-lmkl_scalapack_lp64 -Wl,–start-group -lmkl_cdft_core -lmkl_intel_lp64
-lmkl_intel_thread -lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 -Wl,–end-group
-liomp5 -lpthread -lm -ldl -Wl,-rpath,$MKLROOT/lib/intel64”
SCALAPACK_FCFLAGS=”-L$MKLROOT/lib/intel64 -lmkl_blas95_lp64 -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_cdft_core -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 -liomp5 -lpthread -lm -ldl -I$MKLROOT/include/intel64/lp64”
make
make install
make clean
6. 下载并安装cp2k：
下载6.1.0版本cp2k(development版本)：
手动进入网页下载：https://sourceforge.net/p/cp2k/code/HEAD/tree/
下载完成后，将trunk目录里面的cp2k/ 这个文件夹拷贝到/opt/目录中
然后进入/opt/cp2k/makefile目录，修改cp2k配置文件：
vim ../arch/Linux-x86-64-intel.psmp
然后对照着修改:
LIBXSMM = /opt/libxsmm(对应各人安装路径)
LIBXC = /opt/libxc
LIBINT = /opt/libint
LIBELPA = /opt/elpa
elpa部分的include后面部分要注意，每个版本的elpa此处数字路径是不一样的，具体路径请到elpa的安装目录自己查看
DFLAGS = -D__ELPA=201805(elpa版本号)
FCFLAGS += -I$(LIBELPA)/include/elpa_openmp-2018.05.001/modules -I$(LIBELPA)/include/elpa_openmp-2018.05.001/elpa
保存文件,然后进入cp2k/makefils编译cp2k.psmp
cd cp2k/makefiles
多线程多进程版本
make -j 8 ARCH=Linux-x86-64-intel-host VERSION=psmp
使用多线程版本cp2k时，需要手动设置线程数：
export OMP_NUM_THREADS=2
然后再执行:
mpirun -n 14 cp2k.psmp -i test.inp
这样的命令，程序就会自动使用14核2线程,需要注意的是，核心数乘以线程数不能大于单节点上总的物理核心数，不然计算会非常慢！